Chùa Muống được Bộ Văn hóa, Thể Thao và Du lịch xếp hạng di tích lịch sử quốc gia năm 1992. Trải bao thăng trầm của lịch sử, nhiều công trình của chùa Muống bị phá huỷ trong chiến tranh. Hoà bình lập lại, nhất là từ những năm đầu thập kỷ 80 của thế kỷ 20 cho đến nay, chùa Muống như được hồi sinh. Nhiều công trình được khôi phục như nhà tổ, tăng phòng, chùa chính cùng nhiều hạng mục khác