Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT).
Theo đó, nguyên tắc quản lý hoàn thuế GTGT được quy định như sau: Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế tự xác định số tiền thuế GTGT đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuế GTGT và thực hiện kết nối, trao đổi thông tin với các cơ quan có liên quan trong việc giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế...
Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.
Qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế sẽ chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự.
Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh chi hoàn thuế cho người nộp thuế chậm nhất là 3 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước, lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách do cơ quan thuế chuyển đến.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 13-8-2016.