Giai đoạn 2006-2008, vận tải biển hưng thịnh, hoạt động Vinalines khá thuận lợi. Tuy nhiên, khi khó khăn, nhiều sai phạm trong điều hành mới bắt đầu lộ rõ.
Có mặt tại phiên họp báo thường kỳ Chính phủ đầu tháng 8-2010, thời điểm cựu Chủ tịch Tập đoàn Công nghiệp và Tàu thủy Việt Nam (Vinashin) Phạm Thanh Bình bị cơ quan công an khởi tố, ông Dương Chí Dũng được giao nhiệm vụ làm rõ hơn về quá trình tiếp nhận các đơn vị được chuyển giao khi Tập đoàn này tiến hành tái cơ cấu.
Tại thời điểm đó, cựu Chủ tịch Vinalines Dương Chí Dũng từng khẳng định "chúng tôi sẽ có cách làm bài bản hơn", "chỉ nhận nợ sau khi đã kiểm toán"...Là người làm việc lâu năm trong ngành hàng hải, ông Dũng khi đó đã phân tích khá thấu đáo những nhược điểm trong việc mua lại và khai thác tàu Hoa Sen của Vinashin như tốn nhiên liệu, không phù hợp để hành hải tuyến dài, chỉ phù hợp để làm tàu du lịch... Ông hứa: "Vinalines sẽ có cách khai thác phù hợp, hiệu quả hơn". Tuy vậy gần 2 năm trôi qua, trong kết luận của Thanh tra Chính phủ được phát đi giữa tháng 4 vừa rồi, tàu Hoa Sen một lần nữa lại được đưa ra làm ví dụ về những sai phạm trong việc quản lý, sử dụng vốn nhà nước thiếu hiệu quả tại Vinalines. Về xây dựng, trong giai đoạn 2007 - 2010, kết luận thanh tra cho thấy Vinalines đã góp vốn đầu tư vào 3 cơ sở sửa chữa tàu biển (Nhà máy sửa chữa tàu Vinalines phía Nam, Nhà máy Nosco - Vinalines, Nhà máy Đông Đô) nhưng đều không có trong kế hoạch phát triển được Thủ tướng phê duyệt trước đó.
Ngoài những công trình nêu trên, trong thời gian ông Dũng làm Chủ tịch, Vinalines cũng tiến hành đầu tư lớn vào việc xây dựng 12 cảng biển, một cảng sông và một cảng cạn. Nổi bật trong số này là cảng Vân Phong, Sài Gòn - Hiệp Phước, CMIT, Cái Mép - Thị Vải, Cái Lân… Mặc dù các dự án này đều đúng chủ trương, có trong quy hoạch, nhưng trong quá trình thực hiện, doanh nghiệp vẫn xuất hiện nhiều sai phạm như chậm tiến độ, phê duyệt không đúng thẩm quyền…Riêng việc quản lý tài chính, giống như nhiều tập đoàn, tổng công ty khác trong giai đoạn 2007 - 2010, hoạt động đầu tư của Vinalines được đánh giá là khá dàn trải khi góp vốn vào 158 doanh nghiệp và nảy sinh nhiều bất cập. Doanh nghiệp sử dụng không đúng mục đích gần một nửa số tiền 1.000 tỷ đồng vốn trái phiếu được phép phát hành năm 2010, cho vay công ty con mà không tính lãi, chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế ở một số đơn vị… Đặc biệt là để nợ đọng khoản tiền khó đòi lên tới hơn 23.000 tỷ đồng.
Trong hầu hết các hạn chế, sai phạm nêu trên của Vinalines, Thanh tra Chính phủ xác định trách nhiệm của Tập thể lãnh đạo công ty, đứng đầu là ông Dương Chí Dũng với tư cách là Chủ tịch Hội đồng quản trị (nay là Chủ tịch Hội đồng thành viên), Tổng giám đốc và các lãnh đạo liên quan, lãnh đạo các công ty thành viên…Thanh tra cũng đề nghị Bộ Nội vụ, Bộ Giao thông hướng dẫn, lãnh đạo Tổng công ty Hàng hải tiến hành kiểm điểm, tự kiểm điểm xử lý trách nhiệm đối với các sai phạm. Riêng với vụ mua ụ nổi No83M, cơ quan này đã chuyển hồ sơ cho Bộ Công an tiếp tục xem xét xử lý.Bên cạnh những sai phạm được chỉ ra, thực tế trong giai đoạn 2005 - 2010, Tổng công ty Hàng hải cũng đã có những bước phát triển. Từ con số 3.200 tỷ đồng năm 2005, vốn điều lệ của Vinalines đã tăng lên mức 8.180 tỷ vào năm 2010. Cùng với đó, số lượng tàu cũng như năng lực vận tải của doanh nghiệp cũng tăng gấp đôi so với giai đoạn trước đó (từ 1,25 triệu tấn năm 2005 lên 2,8 triệu tấn năm 2010). Lợi nhuận báo cáo hàng năm dao động trong khoảng 550 - 1.600 tỷ đồng. Tuy nhiên, con số lợi nhuận nêu trên còn là điều cần xem xét bởi theo báo cáo của Vinalines, trong các năm 2007 - 2010, doanh nghiệp này lãi lần lượt 861, 1.600, 857 và 1.241 tỷ đồng. Trong khi đó, kết quả làm việc của Thanh tra Chính phủ lại cho thấy Vinalines chỉ có lãi trong các năm 2007 và 2008. Đến năm 2009 và 2010, doanh nghiệp này lần lượt lỗ hơn 412 tỷ và gần 1.274 tỷ đồng.