Bộ Y tế đã ban hành Thông tư số 37/2016/TT-BYT hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Y tế huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Theo đó, Trung tâm Y tế cấp huyện là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế, có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu, tài khoản riêng được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật. Trung tâm Y tế cấp huyện có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng và các dịch vụ y tế theo quy định của pháp luật.
Các phòng chức năng thuộc Trung tâm Y tế cấp huyện gồm: Phòng Tổ chức - Hành chính, Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ, Phòng Tài chính - Kế toán, Phòng Điều dưỡng. Ngoài ra, Trung tâm Y tế cấp huyện còn có 12 khoa chuyên môn, trong đó có Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS, Khoa Y tế công cộng và dinh dưỡng, Khoa An toàn thực phẩm, Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản, Khoa Khám bệnh hoặc Phòng khám đa khoa, Khoa Hồi sức cấp cứu, Khoa Nội tổng hợp…
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 10-12-2016, thay thế Quyết định số 26/2005/QĐ-BYT ngày 9-9-2005.