Ngày 26-5-2014, Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành Thông tư số 03/2014/TT-BKHĐT hướng dẫn về đăng ký HTX và chế độ báo cáo tình hình hoạt động của HTX, trong đó đáng chú ý là quy định về thu hồi giấy chứng nhận (GCN) đăng ký HTX.
Cụ thể, GCN đăng ký HTX có thể bị thu hồi trong các trường hợp sau: Khi HTX giải thể, phá sản, hợp nhất, sáp nhập và khi phát hiện nội dung kê khai trong hồ sơ đăng ký HTX, hồ sơ đăng ký thay đổi nội dung đăng ký HTX là không trung thực, không chính xác. Các trường hợp cơ quan đăng ký HTX thông báo về hành vi vi phạm và yêu cầu người đại diện HTX đến giải trình gồm: HTX lợi dụng danh nghĩa để hoạt động trái pháp luật; hoạt động trong các ngành, nghề mà pháp luật cấm; hoạt động trong ngành, nghề kinh doanh có điều kiện mà không đủ điều kiện theo quy định của pháp luật; không đăng ký mã số thuế trong thời hạn 1 năm kể từ khi được cấp GCN đăng ký... Sau 10 ngày làm việc, người được yêu cầu không đến hoặc nội dung giải trình không phù hợp thì cơ quan đăng ký HTX ra quyết định thu hồi GCN đăng ký HTX.
Cũng theo thông tư này, trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ khi góp vốn, mua cổ phần, thành lập doanh nghiệp, HTX phải thông báo bằng văn bản theo mẫu đến cơ quan đã cấp GCN đăng ký HTX nơi HTX đặt trụ sở chính. Kèm theo thông báo là nghị quyết của đại hội thành viên về việc góp vốn, mua cổ phần và thành lập doanh nghiệp của HTX.HTX được quyền khiếu nại tới cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật hiện hành trong trường hợp không được cấp GCN đăng ký HTX hoặc không được đăng ký thay đổi nội dung đăng ký HTX mà không có văn bản yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ của cơ quan đăng ký HTX.
Thông tư này thay thế Thông tư số 05/2005/TT-BKH ngày 15-12-2005 và có hiệu lực thi hành từ ngày 1-8-2014.